Балерина, педагог, балетмейстер. С 1897 г. танцевала в Мариинском театре - первые годы в кордебалете, потом в качестве
солистки театра. Особо ей удавались сольные вариации (гран па в "Дон Кихоте", па-де-труа теней в "Баядерке", "Сон Раймонды", вариации в "Коппелии" и др.)
за что её прозвали "королевой вариаций". В последствии начала исполнять главные партии, но на этом поприще успех ей не сопутствовал и она оставила сцену, занялась преподаванием, проявив себя выдающимся педагогом. Ею была создана собственная методика преподавания ("Система Вагановой"), сочетавшая в себе педагогические принципы ведущих европейских школ балета. Среди её учениц выдающиеся балерины XX века -
Галина Уланова, Майя Плисецкая,
Марина Семёнова, Наталья Дудинская, Алла Осипенко и др.
В 1921 г. преподавала в Петроградском хореографическом училища (с 1946 г. - профессор).
В 1931-1937 г. - художественный руководитель балетной труппы Ленинградского театра оперы и балета им. С.М. Кирова, где поставила балеты "Лебединое озеро" и "Эсмеральда". Народная артистка РСФСР (1934). В 1946 г. А.Я. Ваганова была удостоена Сталинской премии.
Автор книги "Основы классического танца" (1934). В 1957 г. Ленинградскому хореографическому училищу было присвоено её имя (ныне Академия русского балета).
А.Я. Вагановой посвящены два документальных фильма - "Вспоминая великую Ваганову" (2004) и "Агриппина Ваганова. Великая и ужасная" (2009).
Скончалась А.Я Ваганова 5 ноября 1951 года, похоронена в Санкт-Петербурге на "Литераторских мостках" Волковского кладбища.